SEJOUR DECOUVERTE
Analyse Bio-informatique de génomes

Resources web

• Les bactéries
• Chromosomes et ADN
• Du gène à la protéine

Travaux pratiques

Le but de ces travaux pratiques est d'analyser le génome de bactéries du genre Listeria afin d'identifier des gènes de virulence. L'identification de ces gènes permettra de mettre en place des tests de détection des Listerias pathogènes.

Nous étudierons deux espèces de Listeria dont l'une est pathogène : à vous de trouver laquelle !

Version LINUX

• I. Connection au serveur ESILBAC et pratique de LINUX
• II. Rechercher les séquences des génomes de Listeria dans GENBANK
• III. Manipuler les fichiers de séquences
• IV. Rechercher les gènes dans les séquences avec EMBOSS
• V. Rechercher les "vrais" gènes avec BLAST
• VI. Trouver de l'information sur les génomes avec GENBANK
• VII. Rechercher les gènes de virulence avec Artemis ACT
• VIII. Visualisation de la structure 3D des protéines sélectionnées avec PDB et PyMol

Version WEB

• I. Rechercher les séquences des génomes de Listeria dans GENBANK
• II. Visualiser les fichiers de séquences
• III. Rechercher les gènes dans les séquences avec EMBOSS
• IV. Rechercher les "vrais" gènes avec BLAST
• V. Trouver de l'information sur les génomes avec GENBANK
• VI. Rechercher les gènes de virulence avec Artemis ACT
• VII. Visualisation de la structure 3D des protéines sélectionnées avec PDB et PyMol

Fichiers de sauvegrade

• Liste des fichiers