Research
“In contrast to the engineer, evolution does not produce innovations from scratch. It works on what already exists. [...] This process ressembles not engineering but tinkering, bricolage we say in French” François Jacob
The apparent simplicity of microbes hides a surprising genetic diversity and evolutionary plasticity. Microbes causing infectious diseases are a great example. They possess a remarkable ecological competency that makes some of them seemingly adaptable to virtually any environment including animal hosts, human hosts and natural environments. Underlying this versatility are sophisticated arms race mechanisms improved through the course of evolution on both ends of the complex host-pathogens interactions.
Using Genomics (assembly, functional annotation), Genomics epidemiology, Phylogeny, Metagenomics, Transcriptomics and other *omics related fields we are interested in unravelling the routes of pathogens and better characterize factors influencing the emergence of pathogens and the flux of pathogenicity genes (e.g. Antimicrobial Resistance).
- Pathogen transmission and Emerging pathogens.
SRAS-CoV-2 / Ticks / Blastomyces - Translational research to promote the adoption of Genomics in animal and human Health and Environmental protection (One Health)
Metagenomics
“Evolution may follow a stepwise path to extravagance” Arlin Stoltzfus
Along the way, our research may lead to the discovery of complex microbes with unconventional genome architectures. In the era of high throughput analyses, it is interesting to slow down and look into these peculiarities that stretch the boundaries of what we think is genetically possible and may reveal untapped genomic diversity and exotic molecular machineries.
- Complex genomes, RNA machineries
Diplonema papillatum, Oxytricha trifallax
Recherche
“In contrast to the engineer, evolution does not produce innovations from scratch. It works on what already exists. [...] This process ressembles not engineering but tinkering, bricolage we say in French” François Jacob
L'apparente simplicité des microbes cache une surprenante diversité génétique et plasticité évolutive. Les microbes qui causent les maladies infectieuses en sont une formidable illustration. Ils possèdent une compétence écologique remarquable permettant à certains de s'adapter à pratiquement tous types d'environnement: chez un hôte animal, humain ou dans la nature. À la base de cette versatilité se trouvent des mécanismes de combat améliorés au cours de l'évolution tant par les pathogènes que par les hôtes.
En utilisant la Génomique (assemblage, annotation fonctionnelle), l'épidémiologie génomique, la Phylogenie, la Métagénomique, la Transcriptomique et d'autres sciences *omiques, je cherche à identifier les modes et voies de transmission des pathogènes et à mieux caractériser les facteurs influençant l'émergence de pathogènes et les vecteurs des gènes de pathogénicités (e.g. résistance aux anti microbiens).
- Transmission des pathogènes et pathogènes émergents (anglais)
SRAS-CoV-2 / Tiques / Blastomyces - Recherche translationnelle (anglais) pour développer l'adoption de la Génomique en santé humaine, animale et pour la protection de l'environnement (Une Seule Santé/"One Health")
Métagénomique
“Evolution may follow a stepwise path to extravagance” Arlin Stoltzfus
En chemin, nos recherches peuvent nous permettre de découvrir des microbes complexes, à l'architecture génomique originale. A l'heure des analyses à haut débit, il est intéressant de ralentir un instant pour se pencher sur ce bestiaire étonnant qui repousse les limites de ce que nous croyons génétiquement possible et qui pourrait bien nous révéler tout un monde de diversité et de curiosités moléculaires.
- Génomes complexes, Machineries ARN
Diplonema papillatum, Oxytricha trifallax
@SaM - Sandrine Moreira